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Blast 的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject)，然后用待查的序列(称为query)在database 中搜索，每一条query 与database 中的每一条subject 都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。

blastp：蛋白序列与蛋白库做比对，直接比对蛋白序列的同源性。

blastx：核酸序列与蛋白库的比对，先将核酸序列翻译成蛋白序列(根据相位可以翻译为6种可能的蛋白序列)，然后再与蛋白库做比对。

blastn：核酸序列对核酸库的比对，直接比较核酸序列的同源性。

tblastn：蛋白序列对核酸库的比对，将库中的核酸翻译成蛋白序列，然后进行比对。

tblastx： 酸序列对核酸库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成蛋白序列，然后

对蛋白序列进行比对

blast 的运行分为两个步骤：第一，建立目标序列的数据库；第二，做blast 比对。

1．运行建库程序formatdb(核酸数据库为nucl，蛋白质数据库为prot)：

makeblastdb -in E8_G9_L008_R2.fa -dbtype nucl -title E8_G9_L008_R2 -parse_seqids -out E8_G9_L008_R2_db

如果建立的是核酸库，输出为db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsp、db.seq.nog、db.seq.nsd、db.seq.nsi。

2、运行比对程序

blastn -query complement_E8_G9_L007_R1.fa -db E8_G9_L007_R2_db -out E8_G9_L007.out -outfmt 7 -evalue 1e-10 -task blastn